वर्ष 1999 के आरंभिक दिनों में संस्थान की शुरुआत इलाहाबाद विश्वविद्यालय परिसर के नेहरू विज्ञान केंद्र (एनएससी) में एक मामूली किराए के मकान में हुई थी। एनएससी परिसर में पांच कार्यशालाएं, आठ कंप्यूटर प्रयोगशालाएं, पांच व्याख्यान कक्ष, एक सम्मेलन कक्ष, सभागार, पुस्तकालय, कैफेटेरिया, कार्यालय स्थल और अन्य सुविधाएं शामिल थीं। कुल कवर्ड एरिया करीब 25,000 वर्ग फीट था। इसके अलावा, 50,000 वर्ग फीट का एक खुला स्थान था जिसका उपयोग पार्किंग, लॉन और खेल गतिविधियों के लिए किया जाता था।

बाद में, आईआईआईटी इलाहाबाद की स्थापना इलाहाबाद के बाहरी इलाके झालवा में देवघाट के पास 100 एकड़ भूमि में की गई। इस संस्थान की वास्तुकला अद्वितीय और समकालीन प्रकृति की है और बाइनरी बिट्स की फिबोनाची श्रृंखला के बारे में एक बयान देती है, जो स्थापित पैटर्न से एक गंभीर विचलन है। पारंपरिक ज्यामितीय रेखाओं के बजाय, परिसर और अन्य इमारतों को अंतरराष्ट्रीय स्तर पर प्रशंसित विद्वान और गणितज्ञ रोजर पेनरोज़ द्वारा विकसित पैटर्न पर स्टाइल किया गया है।

प्रारंभ में, सूचना प्रौद्योगिकी में बैचलर ऑफ टेक्नोलॉजी (बी.टेक) के अलावा, आईआईआईटी इलाहाबाद तीन विशेषज्ञताओं अर्थात् इंटेलिजेंट सिस्टम, वायरलेस कम्युनिकेशन और बायोइनफॉरमैटिक्स में एक विशेष मास्टर डिग्री (आईटी में एम.टेक) की पेशकश कर रहा था। बाद में, साइबर लॉ में एमएस, आईटी में एमबीए और सॉफ्टवेयर इंजीनियरिंग में एम.टेक के रूप में तीन नए स्नातकोत्तर पाठ्यक्रम जोड़े गए। समय के साथ, रोबोटिक्स, ह्यूमन कंप्यूटर इंटरेक्शन और माइक्रोइलेक्ट्रॉनिक्स जैसे विशेषज्ञताओं के साथ एम.टेक के पूल में अन्य विशेषज्ञता विषय जोड़े गए।

अवधि (2008-2014) के दौरान, आईआईआईटी इलाहाबाद 7 लगातार विज्ञान सम्मेलन आयोजित करने वाला एकमात्र संस्थान बन गया, एक ऐसी बैठक जिसमें नोबेल पुरस्कार विजेता, ट्यूरिंग पुरस्कार विजेता, भारत और विदेश के सर्वश्रेष्ठ वैज्ञानिक नवोदित इंजीनियरों को प्रेरित करने और ज्ञान प्रदान करने के लिए एक साझा मंच पर आते

अवधि (2008-2014) के दौरान, आईआईआईटी इलाहाबाद 7 लगातार विज्ञान सम्मेलन आयोजित करने वाला एकमात्र संस्थान बन गया, एक ऐसी बैठक जिसमें नोबेल पुरस्कार विजेता, ट्यूरिंग पुरस्कार विजेता, भारत और विदेश के सर्वश्रेष्ठ वैज्ञानिक नवोदित इंजीनियरों को प्रेरित करने और ज्ञान प्रदान करने के लिए एक साझा मंच पर आते